В соответствии с п.1 ст.36 Семейного кодекса РФ, «…имущество, принадлежавшее каждому из супругов до вступления в брак, а также имущество, полученное одним из супругов во время брака в дар, в порядке наследования или по иным безвозмездным сделкам (имущество каждого из супругов), является его собственностью…». Таким образом (независимо от того, разводятся супруги или нет), при разделе имущества квартира, полученная Вами по договору дарения, не подлежит разделу.
Далее. Независимо от того, имеет ли супруг постоянную или временную регистрацию, квартира в любом случае после развода остается Вашей собственностью. Об этом же говорит и п.4 ст.31 Жилищного кодекса РФ: «…в случае прекращения семейных отношений с собственником жилого помещения право пользования данным жилым помещением за бывшим членом семьи собственника этого жилого помещения не сохраняется, если иное не установлено соглашением между собственником и бывшим членом его семьи…». Однако следует учитывать, что если у бывшего супруга не будет иного жилья, либо средства не позволят снимать квартиру, суд может разрешить ему проживание в Вашей квартире на определенный срок.

Прошу прощения, что не по порядку, но это относится не только к Вашему вопросу. Имеется в виду «что предпринять». Мое мнение однозначно - если понимаете, что нарушаются Ваши права, а виновник не собирается исправлять свои ошибки и нарушения, то цивилизованный выход только один - обращение в суд.
По существу вопроса. К сожалению, из вопроса не ясно, на основании чего Вы проживаете в данном помещении - это может быть договор социального найма, либо договор найма помещения специализированного жилого фонда, к которому, согласно Жилищному кодексу РФ, относятся общежития. Также непонятен статус вашей «прописки», что по смыслу связано с предыдущим вопросом - является ли регистрация постоянной, т.е., по месту жительства или временной, предоставленной на время исполнения гражданином своих служебных обязанностей. Попробуем разобрать ситуацию с разных точек зрения. Если жилье предоставлено по договору социального найма (а в соответствии со ст.7 Федеральный закон № 189-ФЗ «О введении в действие Жилищного кодекса Российской Федерации», «…к отношениям по пользованию жилыми помещениями, которые находились в жилых домах, принадлежавших государственным или муниципальным предприятиям либо государственным или муниципальным учреждениям и использовавшихся в качестве общежитий, и переданы в ведение органов местного самоуправления, применяются нормы Жилищного кодекса Российской Федерации о договоре социального найма…»), то прописать несовершеннолетнюю дочь Вы можете без согласия остальных членов семьи и наймодателя (п.1 ст.70 ЖК РФ).
Кроме этого, в соответствии со ст.20 Гражданского кодекса РФ, местом жительства несовершеннолетнего ребенка признается место жительства любого из его родителей. Таким образом, дочь имеет право проживать вместе с Вами, что влечет ее регистрацию по месту жительства (однако следует учитывать, что если у Вас нет постоянной регистрации, то и дочь ее получить не сможет).
По оплате жилого помещения. Если с договором социального найма все более-менее понятно (в него включены все члены семьи нанимателя и плата за жилье и коммунальные услуги взимается, исходя из состава семьи), то  в данной ситуации не совсем понятно, на каком основании взимают плату за проживание со всей вашей семьи.  Если общежитие действительно относится к специализированному жилищному фонду и является служебным жилым помещением, то, в соответствии с п.6 ст.100 ЖК РФ в договор найма такого помещения должны быть включены и члены семьи нанимателя, которые имеют такие же права, как и члены семьи нанимателя жилого помещения социального найма.  В таком случае плата за проживание может взиматься, если члены Вашей семьи включены в договор найма. Далее. Жена прописана (зарегистрирована) в другом месте. Соответственно,  это место, с точки зрения закона, и является ее местом жительства. Там же и производятся платежи за жилье и коммунальные услуги. Таким образом, проживание супруги в общежитии вуза остается за рамками правового поля. Если же не существует оснований для вселения члена семьи по договору социального найма либо договору найма специализированного жилого помещения, то администрация вуза имеет право взимать плату за свое жилье на условиях договора коммерческого найма.
Резюмируя. Рекомендую все же выяснить статус общежития, условия найма жилого помещения, изучить документы, на основании которых происходит оплата жилья и коммунальных услуг,  и, исходя из этого и вышесказанного, определить порядок своих действий. Вполне возможно, что будет достаточно обратиться к руководству вуза и решить проблему во внесудебном порядке.